El Comité de Participación Ciudadana está integrado por cinco ciudadanos elegidos por el voto de las dos terceras partes de las y los miembros presentes del Congreso del Estado y tiene como objetivo coadyuvar al cumplimiento de los objetivos del Comité Coordinador, así como ser la instancia de vinculación con las organizaciones sociales y académicas relacionadas con las materias del Sistema Estatal.
El Consejo de la Judicatura es un órgano del Poder Judicial con independencia técnica de gestión y para emitir sus resoluciones, encargado de la vigilancia y administración de los recursos del Poder Judicial.
La Secretaría de la Función Pública procura que lo público funcione con eficacia y probidad, con un enfoque en la prevención de riesgos. Asimismo, es la instancia encargada de vigilar, investigar y sancionar las faltas administrativas no graves cometidas por los servidores públicos estatales.
El Instituto de Acceso a la Información Pública y Protección de Datos Personales del Estado de Tlaxcala, es un organismo autónomo, especializado, imparcial y colegiado, con personalidad jurídica y patrimonio propios, con plena autonomía técnica, de gestión, capacidad para decidir sobre el ejercicio de su presupuesto y determinar su organización interna, responsable de garantizar el derecho humano que tiene toda persona para obtener información creada, administrada o en poder de los sujetos obligados.
La Fiscalía Especializada en Combate a la Corrupción es la institución que se encarga de investigar los delitos por hechos de corrupción en el Estado de Tlaxcala, brindando una atención especializada a todos los sectores de la población, con el objetivo de prevenir la corrupción, disminuir la impunidad y elevar los estándares de transparencia, en beneficio de la estabilidad social y el desarrollo económico de la entidad.
El Tribunal de Justicia Administrativa es un organismo público del Poder Judicial del Estado, Integrado por tres personas propuestas por la o el Gobernador del Estado y ratificadas por el voto de las dos terceras partes de las y los miembros presentes del Congreso del Estado.
En ningún caso el Tribunal se integrará con tres personas del mismo género. Durarán en su encargo seis años, podrán ser ratificadas para un periodo igual, y sólo podrán ser removidas de su cargo por las causas graves que señale la ley.